La Sezione Calcio - Calcio a 5 prende forma nell 1997 all’interno del CUS Pisa con la creazione del torneo di Calcio a 5 universitario maschile. Una prima edizione che vede 12 squadre partecipanti e che ad oggi conta 170 squadre, più di 1500 iscritti.
Lo sport del calcio a 5 prende sempre più piede e comincia a diffondersi anche nell’ambiente femminile tanto da portare la sezione a ritagliare uno spazio interamente dedicato al calcio a 5 in rosa. Di anno in anno accresce il numero delle atlete, che ad oggi sono più di 50. Un corso di base e tre squadre iscritte in diversi livelli nei campionati amatoriali e dilettanti completano il quadro in rosa.
Nel 2009 la Sezione ha così l’idea di fondare un Torneo di Calcio a 5 Misto, che oggi visto il successo vede più di 330 iscritti con 32 squadre partecipanti.
Fino agli inizi degli anni 2000, la sezione ha organizato tornei universitari di Calcio con l’adesione di più di 20 squadre. La fine del torneo di Calcio, porta alla nascita del Torneo di Calcio a 7, con la partecipazione di circa 50 squadre. Dal 2006, anno di costruzione di un nuovo campo in erba sintetica, il torneo di trasforma in Torneo di Calcio a 8, che oggi vede iscritte circa 100 squadre e 1200 iscritti.
Nel 2010 il Cus Pisa grazie ad una squadra formata per lo più da studenti universitari, partecipa al campionato di Calcio dilettanti della Uisp e lo stesso dicasi per il Calcio a 5.
Ogni anno il Cus Pisa calcio a 5 attraverso la sua rappresentativa partecipa ai Campionati Nazionali Universitari (C.N.U.),  ottendendo nel 2011 a Torino il titolo di Campioni Nazionali.
I numeri e i successi ottenuti dalla sezione consentono di pensare in grande.
Così nel 2011 il Cus Pisa decide di dare una svolta epocale alla sua storia iscrivendosi ai Campionati Federali di Calcio a 5 FIGC. Attraverso la fusione con il Pisa Soccer Five, squadra con una storia sportiva di indubbio successo, il Cus Pisa, con una struttura organizzativa priva di ogni pari, approda in Serie B.
Il CUS Pisa diventa così primo ed unico riferimento per il Calcio a 5 amatoriale e federale, ma soprattutto giovanile. Nel 2011 vengono iscritte anche una squadra Under 21 e Juniores di Calcio a 5, che termineranno rispettivamente, nel loro primo anno di vita, al secondo e primo posto.
Il successo nell’attività federale coinvolge anche il settore femminile che, per la prima volta nella storia del CUS Pisa, nel 2011 approda al Campionato federale di serie C FIGC ottenendo la seconda posizione.